هنگامی که ورنر کارل هایزنبرگ به دنیا آمد پدرش "آگوست هایزنبرگ" درحال ترفیع رتبه از درجه ی "معلمی زبان های قدیمی" در مدرسه، به منصب استادی دانشگاه "وورثبورگ" بود. مادر او "آنا وکلین" نام داشت که پدرش "نیکولاس وکلین"مدیر باشگاه (مدرسه) ماکزیمیلیام در شهر مونیخ بود و این در حالی بود که آگوست هایزنبرگ به عنوان معلم تحت تعلیم در آن مدرسه با آنا وکلین آشنا می شود آنها در سال 1899 ازدواج کردند. فرزند ارشد آنها "اروین" که برادر بزرگتر ورنر به حساب می آمد.